Publié au Journal officiel du 31 juillet 2026, le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 réforme en profondeur les congés pour raisons de santé des agents publics. Plusieurs dispositions touchent directement le fonctionnaire placé en congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS) à la suite d’un accident de service, d’un accident de trajet ou d’une maladie professionnelle.
Formulaire d’arrêt sécurisé, contrôle de présence au domicile, examen médical à distance, droit à la formation pendant le congé, nouvelle procédure de temps partiel thérapeutique à la reprise : voici ce qui change concrètement pour vous… et ce qui ne change pas.
1. Le décret n° 2026-705 en un coup d’œil
Le décret transpose aux fonctionnaires et agents contractuels des trois versants les mesures applicables aux salariés du régime général depuis la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 : certificat d’arrêt de travail sécurisé, plafonnement de la durée des arrêts, obligations renforcées des agents en arrêt et nouvelles modalités de contrôle. Il réforme également la procédure du temps partiel thérapeutique.
Le texte intégral est consultable sur Légifrance : décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires.
Pour l’agent en CITIS, il modifie les trois décrets « socles » de chaque versant :
- le décret n° 86-442 du 14 mars 1986 pour la fonction publique de l’État ;
- le décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 pour la fonction publique territoriale ;
- le décret n° 88-386 du 19 avril 1988 pour la fonction publique hospitalière.
Son entrée en vigueur est échelonnée :
| Date | Mesures | Impact pour l’agent en CITIS |
|---|---|---|
| 1er août 2026 | Nouvelle procédure de temps partiel thérapeutique (autorisations accordées ou prolongées à compter de cette date) ; examen médical à distance pour les congés de maladie, de longue maladie et de longue durée | Temps partiel thérapeutique demandé à l’issue du CITIS |
| 1er septembre 2026 | Arrêt de travail sécurisé, contrôle administratif, formation pendant le congé, etc. (congés débutant ou prolongés à compter de cette date) | Toutes les dispositions propres au CITIS : déclaration, contrôle de présence, examen à distance, formation, activité rémunérée |
Point clé : les nouvelles règles s’appliquent aux congés débutant ou prolongés à compter du 1er septembre 2026. Un CITIS ouvert avant cette date mais prolongé après y est donc soumis à compter de sa prolongation.
À noter : le CITIS bénéficie aux fonctionnaires (titulaires et stagiaires) relevant du régime spécial. Les agents contractuels victimes d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle relèvent du régime de la sécurité sociale, mais le décret leur étend des mécanismes de contrôle comparables.
2. Ce qui ne change pas : les garanties légales du CITIS
Le décret est un texte réglementaire : il ne remet pas en cause les garanties fixées par le code général de la fonction publique (CGFP). Restent donc pleinement applicables :
- le droit au CITIS lorsque l’incapacité temporaire de travail résulte d’un accident ou d’une maladie imputable au service (article L. 822-21 du CGFP) ;
- la présomption d’imputabilité de l’accident survenu dans le temps et le lieu du service (article L. 822-18) ;
- le maintien de l’intégralité du traitement jusqu’à la reprise du service ou la mise à la retraite (article L. 822-22) ;
- l’assimilation du congé à une période de service effectif, et la faculté pour l’administration de vérifier à tout moment si votre état de santé justifie votre maintien en congé (article L. 822-23).
Le ministère de la fonction publique le souligne d’ailleurs dans sa présentation officielle : les principes fondamentaux (respect de la prescription et du secret médical, modalités de rémunération, durées totales des congés) ne sont pas modifiés. Ce sont surtout la procédure et les contrôles qui évoluent.
3. Déclaration : l’avis d’arrêt de travail sécurisé devient la règle
Pour obtenir un CITIS, vous devez toujours adresser à votre administration une déclaration d’accident de service, d’accident de trajet ou de maladie professionnelle, comprenant un formulaire décrivant les circonstances et un certificat médical.
Ce qui change : le certificat médical indique toujours la nature et le siège des lésions, mais il ne mentionne plus la durée probable de l’incapacité de travail. À la place, lorsque l’accident ou la maladie entraîne une incapacité temporaire de travail, il doit être accompagné de l’avis d’arrêt de travail établi selon les modalités de l’article R. 321-2 du code de la sécurité sociale, c’est-à-dire l’arrêt dématérialisé ou, à défaut, le formulaire papier authentifiable (dit « sécurisé ») fourni par l’assurance maladie.
Ces règles figurent au 2° de l’article 47-2 du décret de 1986 (État), de l’article 37-2 du décret de 1987 (territoriale) et de l’article 35-2 du décret de 1988 (hospitalière). Elles s’appliquent aux CITIS débutant ou prolongés à compter du 1er septembre 2026.
Conseil pratique : vérifiez que votre médecin utilise bien le formulaire sécurisé, conservez une copie de chaque arrêt et gardez la preuve de sa transmission (accusé de réception, courriel, dépôt sur la plateforme RH). Un dossier incomplet est la première cause de retard dans le placement en CITIS.
4. Contrôle de présence au domicile : le CITIS désormais concerné
C’est sans doute la nouveauté la plus sensible. Le décret crée un contrôle administratif de l’arrêt de travail, distinct du contrôle médical, et l’étend expressément au fonctionnaire en CITIS (articles 47-9-1, 37-9-1 et 35-10-1 des trois décrets).
Concrètement, votre administration peut faire vérifier, par toute personne dûment habilitée, votre présence à votre domicile ou à votre lieu de repos s’il est différent :
- lorsque les sorties ne sont pas autorisées ;
- ou durant les heures de présence obligatoire fixées selon l’article R. 323-11-1 du code de la sécurité sociale (en principe de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h, sauf soins ou examens médicaux, ou sorties libres autorisées par le médecin).
La sanction est lourde : une absence injustifiée ou un refus du contrôle entraîne l’interruption du versement de votre rémunération jusqu’à la fin de l’arrêt, et la période concernée continue de s’imputer sur le congé en cours.
En CITIS, les rendez-vous de soins (kinésithérapie, examens, consultations spécialisées) sont fréquents. Conservez systématiquement vos justificatifs horodatés et informez votre employeur de tout changement de lieu de repos.
5. L’examen médical à distance par le médecin agréé
L’administration pouvait déjà faire examiner l’agent en CITIS par un médecin agréé à tout moment. Désormais, cet examen peut être réalisé à distance, au moyen d’un dispositif de télémédecine respectant les articles R. 6316-2 à R. 6316-5 du code de la santé publique.
Le gain de réactivité est réel, mais une téléconsultation n’est pas adaptée à toutes les situations, notamment lorsque l’appréciation de votre état suppose un examen clinique (séquelles orthopédiques, mobilité, douleurs).
6. Activité rémunérée pendant le CITIS : une obligation reformulée
L’interdiction d’exercer une activité rémunérée pendant le CITIS n’est pas nouvelle. Ce qui change, c’est son support juridique : les articles propres au CITIS (47-16 pour l’État, 37-15 pour la territoriale, 35-15 pour l’hospitalière) sont abrogés depuis le 1er septembre 2026 et remplacés par un renvoi à l’article commun aux congés pour raisons de santé.
Vous devez donc cesser toute activité rémunérée, à l’exception des activités ordonnées et contrôlées médicalement au titre de la réadaptation et de la production d’œuvres de l’esprit (article L. 123-2 du CGFP). Dans la fonction publique territoriale, le texte précise désormais que ces activités de réadaptation sont ordonnées et contrôlées par le médecin du travail. En cas de manquement, l’administration interrompt la rémunération et réclame le reversement des sommes perçues.
7. Après le CITIS : un temps partiel thérapeutique mieux encadré
La reprise en temps partiel thérapeutique (TPT) est fréquente au terme d’un CITIS. Pour toute autorisation accordée ou prolongée depuis le 1er août 2026, la procédure est réécrite :
- Décision au plus tard le jour de la reprise : lorsque la demande intervient à l’issue d’un CITIS (comme après un congé de longue maladie, de longue durée ou une disponibilité pour raison de santé), l’administration doit statuer au plus tard le jour de votre reprise, y compris en cas de renouvellement. Dans les autres cas, elle dispose de trente jours ;
- Jusqu’à un an sans périodicité imposée : le TPT est accordé dans la limite d’une année, en une ou plusieurs périodes, au lieu de périodes successives d’un à trois mois ;
- Refus obligatoirement motivé : s’il repose sur les nécessités du service, il doit être précédé d’un entretien au cours duquel vous pouvez être assisté par la personne de votre choix ; s’il repose sur un motif médical, il exige l’avis préalable d’un médecin agréé ;
- Contrôle médical possible dès la demande : l’administration peut vous faire examiner par un médecin agréé dès réception de la demande. Une absence injustifiée à cet examen vaut désistement. En contrepartie, le contrôle systématique au-delà de trois mois est supprimé ;
- Maintien pendant la contestation : si vous contestez les conclusions du médecin agréé devant le conseil médical, votre TPT en cours est prolongé jusqu’à son avis.
Les conditions médicales d’accès, les quotités de travail, les règles de rémunération et la durée maximale totale d’un an restent inchangées.
8. Que faire en cas de difficulté avec votre administration ?
Les nouvelles règles multiplient les situations dans lesquelles votre rémunération ou votre reprise peuvent être remises en cause : interruption de traitement après un contrôle, refus de temps partiel thérapeutique, refus de formation, conclusions défavorables d’un médecin agréé.
Quelques réflexes :
- exigez une décision écrite et motivée ;
- rassemblez immédiatement vos justificatifs (arrêts, convocations, comptes rendus médicaux, preuves de présence ou de soins) ;
- respectez le délai de recours contentieux dde deux mois à compter de la notification de la décision ;
- en cas de perte de rémunération, un référé-suspension devant le tribunal administratif peut permettre d’obtenir rapidement le rétablissement de votre traitement.
Pour une vue d’ensemble officielle de la réforme, vous pouvez consulter la présentation du décret sur le portail de la fonction publique.
Vous êtes en CITIS et votre administration applique les nouvelles règles ?
Le cabinet Carluis accompagne les agents publics des trois versants à chaque étape : reconnaissance de l’imputabilité, maintien du plein traitement, indemnisation.
FAQ : décret du 29 juillet 2026 et CITIS
Mon employeur peut-il contrôler ma présence à mon domicile pendant mon CITIS ?
Oui. Pour les CITIS débutant ou prolongés depuis le 1er septembre 2026, l’administration peut faire vérifier par une personne habilitée votre présence à votre domicile, ou à votre lieu de repos, lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou pendant les heures de présence obligatoire. Une absence injustifiée ou un refus du contrôle entraîne l’interruption du versement de votre rémunération jusqu’à la fin de l’arrêt. Ce contrôle administratif s’ajoute au contrôle médical par un médecin agréé, qui reste possible à tout moment.
Puis-je suivre une formation pendant mon congé pour invalidité temporaire imputable au service ?
Oui, c’est l’une des nouveautés du décret du 29 juillet 2026. Sous réserve de l’avis favorable du médecin agréé, vous pouvez demander à réaliser ou poursuivre une action de formation ou un bilan de compétences afin de favoriser votre réadaptation ou votre reconversion professionnelle. Votre administration doit se prononcer dans un délai de trente jours.
Mon employeur peut-il refuser mon temps partiel thérapeutique à la fin de mon CITIS ?
Il le peut, mais dans un cadre désormais strict. Lorsque la demande intervient à l’issue d’un CITIS, la décision doit être prise au plus tard le jour de la reprise. Tout refus doit être motivé : s’il repose sur les nécessités du service, il doit être précédé d’un entretien au cours duquel vous pouvez être assisté ; s’il repose sur un motif médical, il exige l’avis préalable d’un médecin agréé. Vous pouvez contester les conclusions du médecin agréé devant le conseil médical.
